O Centro Cirúrgico da Santa Casa de Misericórdia de Tupã reúne diversas salas equipadas para realizar cirurgias de média a alta complexidade entre elas: transplantes, cirurgias cardíacas, urológicas, bariátricas, gastroenterológicas, neurológicas, oftalmológicas, vascular, torácicas, buco-maxilo-faciais e ortopédicas. O setor conta com posto de enfermagem, sala de pré-anestésico, centro de recuperação, sala dos médicos, vestiário, salas para os anestesistas, farmácia, copa e recepção. Por mês são realizadas, em média, milhares de intervenções.